A Módszertani Igazgatóság a jogszabályok és az NCSSZI alapdokumentumai figyelembevételével, a NEFMI háttérintézményi feladatrendszerében az Országos Szolgáltatás-módszertani Koordinációs Központ (OSZMK) tevékenységén keresztül országos hatáskörben ellátja a szociális és gyermekjóléti, gyermekvédelmi szolgáltatásokhoz kapcsolódó módszertani (elemző, alkalmazás-támogató, szakértői és szabályozási) tevékenységet. Továbbá koordinálja az Országos Gyermekvédelmi Szakértői Bizottság (OGYSZB) és az Országos Kríziskezelő és Információs Telefonszolgálat (OKIT) közvetlen szolgáltatást nyújtó tevékenységét.

A Módszertani Igazgatóság munkáját a módszertani igazgató irányítja.